#!/bin/tcsh -ef
# usage: make_exvivo_filled <subject name> <input samseg> <input intensity vol>

set echo=1
if ( $#argv < 4) then
    echo "usage: make_exvivo_filled <subject name> <input samseg> <input intensity vol> <hemi/both>"
    exit 1
endif

set s=$1
set samseg=$2
set norm=$3
set hemi=$4

set lhwm=2
set rhwm=41
if ($4 == lh) then
    set hemilist = (lh)
    set hemiopt = "-lh"
    set hemiopt2 = "-lhonly"
else if ($4 == rh) then
    set hemilist = (rh)
    set hemiopt = "-rh"
    set hemiopt2 = "-rhonly"
else
    set hemilist = (lh rh)
    set hemiopt2 = ""
    set hemiopt = ""
endif

set bdir=$SUBJECTS_DIR/$s
set mdir=$bdir/mri
set sdir=$bdir/surf

if (-e $bdir == 0) then
    echo creating subject directory tree
    mksubjdirs $s
endif



mri_mask -no_cerebellum ${hemiopt} $samseg $samseg $mdir/aseg.mgz
mri_convert -rt nearest -ns 1 --conform_min  $mdir/aseg.mgz $mdir/aseg.mgz
cp $mdir/aseg.mgz $mdir/aseg.auto.mgz
cp $mdir/aseg.mgz $mdir/aseg.presurf.mgz
mri_mask -no_cerebellum ${hemiopt} $norm $samseg $mdir/norm.mgz
mri_convert --conform_min  $mdir/norm.mgz $mdir/norm.mgz
foreach f (brain.mgz brainmask.mgz orig.mgz rawavg.mgz)
    ln -fs $mdir/norm.mgz $mdir/$f
end
if ($hemi == lh) then
    mri_extract_largest_CC -l ${lhwm} $mdir/aseg.mgz $mdir/wm.seg.mgz
else if ($hemi == rh) then
    mri_extract_largest_CC -l ${rhwm} $mdir/aseg.mgz $mdir/wm.seg.mgz
    mri_binarize --replaceonly ${rhwm} ${lhwm} --i  $mdir/wm.seg.mgz --o $mdir/wm.seg.mgz
else
    mri_binarize --replaceonly ${rhwm} ${lhwm} --i $mdir/aseg.mgz --o $mdir/wm.seg.mgz
    mri_extract_largest_CC -l ${lhwm} $mdir/wm.seg.mgz $mdir/wm.seg.mgz
endif

mri_binarize --binval 255 --i $mdir/wm.seg.mgz --o $mdir/wm.seg.bin.mgz --min 1 --max 3
mri_convert -ns 1 -rt nearest -odt uchar $mdir/wm.seg.bin.mgz $mdir/wm.seg.bin.mgz
mri_edit_wm_with_aseg ${hemiopt} -keep-in $mdir/wm.seg.bin.mgz $mdir/norm.mgz $mdir/aseg.mgz $mdir/wm.asegedit.mgz 
mri_extract_largest_CC -l 255 $mdir/wm.asegedit.mgz $mdir/wm.asegedit.cc.mgz
mri_pretess $mdir/wm.asegedit.mgz wm $mdir/norm.mgz $mdir/wm.mgz 
mri_fill ${hemiopt2} -a ../scripts/ponscc.cut.log -segmentation $mdir/aseg.mgz $mdir/wm.mgz $mdir/filled.mgz